1.氨基水杨酸制剂
对控制轻、中型患者的活动性有效有一定疗效，且可作为缓解期维持治疗用药。
2.免疫抑制剂
适用于对激素治疗效果不佳或对激素依赖的慢性活动性病例，显效时间约需3～6个月，维持用药一般1～2年。
3.抗菌药物
某些抗菌药物如甲硝唑、喹诺酮类药物有一定疗效。
4.抗TNF-α单克隆抗体
临床试验证明对传统治疗无效的活动性克罗恩病有效，重复治疗可取得长期缓解，现已开始用于临床，其疗效及安全性尚需观察。
5.手术治疗
对于症见完全性肠梗阻，瘘管及脓肿形成，急性穿孔及不能控制的大量出血的患者需手术治疗。
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